Consideraciones Sobre El Indexado - Illumina NextSeq 550 Guía Del Sistema

Guía del sistema NextSeq 550
Figura 31 Visualización de intensidades de grupos
Tabla 1 Llamadas de bases en secuenciación de dos canales
Base Canal rojo Canal verde
A 1
(encendido) (encendido)
C 1 0 (apagado)
(encendido)
G 0 (apagado) 0 (apagado)
T 0 (apagado)
(encendido)
Grupos que superan el filtro
Durante el experimento, RTA2 filtra incidencias para eliminar las lecturas que no satisfagan el umbral de
calidad de los datos. Los grupos que se solapan o de baja calidad se eliminan.
En el caso del análisis de dos canales, RTA2 utiliza un sistema basado en la población para determinar la
castidad de una llamada de bases. Los grupos superan el filtro (PF, pass filter) cuando, como máximo, una
llamada de bases en los primeros 25 ciclos muestra un valor de castidad de <0,63. Los grupos que no
superan el filtro no se someten a llamada de bases.

Consideraciones sobre el indexado

El proceso de llamada de bases de las lecturas de índices difiere de la llamada de bases durante otras
lecturas.
Las lecturas de índice deben comenzar, al menos, con una base diferente de G en cualquiera de los dos
primeros ciclos. Si una lectura de índice comienza con dos llamadas de bases G, no se genera ninguna
intensidad de señal. La señal debe estar presente en cualquiera de los dos primeros ciclos para garantizar el
rendimiento del demultiplexado.
Para aumentar la solidez del demultiplexado, seleccione secuencias de índices que proporcionen señal en al
menos un canal, preferiblemente los dos canales, por cada ciclo. Al seguir estas directrices, se evitan las
combinaciones de índices que solo dan lugar a bases G en cualquier ciclo.
Canal rojo: A o C
u
Canal verde: A o T
u
Este proceso de llamada de bases garantiza la precisión al analizar muestras de bajo plexado.
N.º de documento 15069765 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Resultado
1 Los grupos que presentan intensidad en el canal rojo y verde.
Los grupos que presentan intensidad solo en el canal rojo.
Grupos que no presentan intensidad en una ubicación de grupos conocida.
1 Los grupos que presentan intensidad solo en el canal verde.
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