Agilent Technologies G4900DA Guia Del Usuario
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Agilent G4900DA
Sistema de scanner de
microarrays SureScan
Microarray Scan Control
Software 9.1
Guía del usuario
Enero 2012
Sólo para uso en investigación. No utilizarse en
procedimientos de diagnósticos
Agilent Technologies

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Resumen de contenidos para Agilent Technologies G4900DA

  • Página 1 Agilent G4900DA Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9.1 Guía del usuario Enero 2012 Sólo para uso en investigación. No utilizarse en procedimientos de diagnósticos Agilent Technologies...

  • Página 2: Garantía

    Avisos Garantía Avisos sobre seguridad © Agilent Technologies, Inc. 2011-2012 Ninguna parte de este manual puede El material contenido en este documento reproducirse en forma alguna o por medio se facilita “tal cual” y está sujeto a ATENCIÓN alguno (incluido el almacenamiento y la cambios sin previo aviso en ediciones recuperación electrónicos o la traducción a...
  • Página 3 En esta guía… Esta guía del usuario contiene instrucciones para comenzar a utilizar, solucionar problemas y mantener el sistema de scanner de microarrays SureScan de Agilent. El sistema SureScan se compone del scanner de microarrays SureScan de Agilent, la estación de trabajo del ordenador y programas de control y análisis.
  • Página 4 Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 5: Tabla De Contenido

    Contenido Introducción Una herramienta eficaz para análisis de microarrays Descripción del sistema Características de los equipos y los programas Lista de componentes Requisitos informáticos del sistema Descripción física del scanner Preparación de las instalaciones Símbolos de seguridad en el scanner Instrucciones de seguridad Principios de funcionamiento Colocación de placas...
  • Página 6 Contenido Paso 4. Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo Paso 5. Incorporación de las placas a la cola del barrido Paso 6. Barrido de las placas Paso 7. Extracción de las placas Acerca de los protocolos de barrido Modo desconectado Apagar el scanner SureScan Utilización del programa Scan Control...
  • Página 7 Contenido Para cambiar un protocolo de barrido existente Para crear un protocolo de barrido Para importar un protocolo de barrido Para eliminar un protocolo de barrido Crear y cambiar regiones de barrido Para crear una región de barrido Cambio de una región de barrido existente para placas que no son de Agilent Para crear una región de barrido Para importar una región de barrido...
  • Página 8 Contenido Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mantenimiento del sistema Mantenimiento programado del software Mantenimiento programado del hardware Sugerencias para evitar problemas Solución de problemas Soporte técnico Preguntas más frecuentes Solución de problemas del hardware Solución de problemas del software Ubicaciones de archivos Mensajes de error del sistema SureScan Uso de la pantalla de diagnóstico...
  • Página 9 Contenido Cuadro de diálogo Export Scan Region Cuadro de diálogo Input Barcode Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Cuadro de diálogo Scan Region Editor Cuadro de diálogo Self Test Cuadro de diálogo Settings: General Settings Cuadro de diálogo Settings: Design To Protocol Mapping Acerca de la adición de placas Ejecución de Feature Extraction en imágenes barridas Especificaciones del scanner SureScan...
  • Página 10 Contenido Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 11: Introducción

    Microarray Scan Control Software 9.1 Guía del usuario Introducción Una herramienta eficaz para análisis de microarrays Descripción del sistema Principios de funcionamiento Programas instalados en la estación de trabajo del ordenador En este capítulo se facilita una introducción general sobre el sistema SureScan. Agilent Technologies...

  • Página 12: Una Herramienta Eficaz Para Análisis De Microarrays

    Una herramienta eficaz para análisis de microarrays El scanner SureScan es parte de la solución del sistema SureScan de Agilent Technologies. El scanner SureScan es un sofisticado scanner de fluorescencia con inducción mediante láser diseñado para leer microarrays impresas en placas estándar de 1 ×...

  • Página 13: Descripción Del Sistema

    Lista de componentes El G4900DA sistema de scanner de microarrays SureScan consta de los siguientes componentes: • G2600D Scanner SureScan con cassette integral de 24 placas •...

  • Página 14: Requisitos Informáticos Del Sistema

    Feature Extraction Software (FE) 10.7.3 y versión superior. Requisitos informáticos del sistema El sistema SureScan viene con un ordenador que cumple o supera la siguiente configuración. Agilent Technologies es compatible solamente con el ordenador provisto con el sistema SureScan.

  • Página 15: Descripción Física Del Scanner

    Introducción Descripción física del scanner Descripción física del scanner Vista frontal del scanner Indicador luminoso de estado Panel frontal extraíble Puerta Interruptor de encendido/apagado Figura 2 Scanner SureScan, vista frontal Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 16: Preparación De Las Instalaciones

    Introducción Preparación de las instalaciones Vista posterior del scanner Entrada de aire de enfriamiento Salida de aire de del láser enfriamiento principal Salida de aire de enfriamiento Entrada de aire de del láser enfriamiento principal Salida de aire de la fuente de Conector LAN alimentación Enchufe de...

  • Página 17: Instrucciones De Seguridad

    Introducción Instrucciones de seguridad Instrucciones de seguridad El scanner SureScan está diseñado para un uso seguro y sencillo. Asegúrese de comprender y respetar todas las advertencias y llamadas de atención antes de utilizar el scanner SureScan. No intente reparar ni acceder a los componentes internos del scanner ADVERTENCIA SureScan.

  • Página 18: Principios De Funcionamiento

    Introducción Principios de funcionamiento Principios de funcionamiento En esta sección se describen las características de funcionamiento del scanner SureScan. Colocación de placas El scanner SureScan tiene capacidad para un total de 24 placas de 1 × 3 pulgadas en un cassette no extraíble. Durante el barrido, las placas se trasladan consecutivamente a la posición de barrido y luego vuelven al cassette.

  • Página 19: Detección De Fluorescencia

    Introducción Detección de fluorescencia Detección de fluorescencia La fluorescencia de las muestras con etiquetas se convierte en una señal eléctrica mediante un PMT de alto rendimiento. Los amplificadores de ruido muy bajo y los integradores digitales procesan la señal del PMT en una medición digital que se graba en el archivo TIFF.

  • Página 20: Programas Instalados En La Estación De Trabajo Del Ordenador

    Introducción Programas instalados en la estación de trabajo del ordenador Programas instalados en la estación de trabajo del ordenador El ordenador que se incluye con el sistema SureScan cuenta con los siguientes programas instalados. Programa Agilent Microarray Scan Control: para instalar y utilizar el scanner.

  • Página 21: Procedimientos Iniciales

    En este capítulo se describe la forma de utilizar el scanner, incluida la forma de configurar y procesar las placas de forma rápida y sencilla. Si tiene problemas, consulte Capítulo 5 para obtener información sobre la solución de problemas. Agilent Technologies...

  • Página 22: Licencias

    Procedimientos iniciales Licencias Licencias El sistema SureScan se puede solicitar con una de las dos configuraciones siguientes: • la configuración estándar de alta resolución, o bien • sin la capacidad de alta resolución Sin la licencia de alta resolución, puede seleccionar 10 micras, 5 micras y doble paso de 5 micras, pero las selecciones de 2 y 3 micras no están disponibles.

  • Página 23: Utilización Del Scanner

    Procedimientos iniciales Utilización del scanner Utilización del scanner Los pasos siguientes explican cómo utilizar el scanner. Para obtener más información sobre cómo utilizar el programa Scan Control, consulte Capítulo 3, “Utilización del programa Scan Control”. Paso 1. Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control 1 Encienda el scanner SureScan utilizando el interruptor de alimentación situado en la parte delantera del aparato.
  • Página 24 Procedimientos iniciales Paso 1. Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control • La carga automática se inicializa y realiza un ciclo de expulsión de placas (para asegurase de que ninguna placa esté en ese momento en el enfoque automático). Si el scanner tiene 24 placas cargadas cuando lo enciende, se producirá...
  • Página 25 Procedimientos iniciales Paso 1. Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control Figura 5 Ventana del programa Agilent Microarray Scan Control: lista para agregar placas El estado del scanner se indica en la esquina inferior derecha de la ventana de Scan Control, en la barra de estado. Initialize Indica que el scanner se está...

  • Página 26: Paso 2. Inserción De Las Placas En Los Portaplacas

    Procedimientos iniciales Paso 2. Inserción de las placas en los portaplacas WarmUp Los láseres tardan 5 minutos como máximo en calentarse. Durante el calentamiento, puede cargar placas, establecer protocolos y agregar placas a la cola. Una vez que los láseres están calientes, puede iniciar el barrido.
  • Página 27 Procedimientos iniciales Paso 2. Inserción de las placas en los portaplacas Saliente de la placa Figura 7 Insertar la placa en el portaplacas 3 Inserte la placa en el portaplacas como se describe a continuación: a Sostenga la placa por el extremo del código de barras. b Asegúrese de que la superficie de microarrays activa esté...
  • Página 28 Procedimientos iniciales Paso 2. Inserción de las placas en los portaplacas Figura 8 Placa insertada en portaplacas Figura 9 Portaplacas: cerrado con placa Para obtener instrucciones sobre la forma de retirar las placas, consulte “Paso 7. Extracción de las placas” en la página 34.

  • Página 29: Paso 3. Cargar Los Portaplacas En El Cassette

    Procedimientos iniciales Paso 3. Cargar los portaplacas en el cassette Figura 10 Orientación de la placa Paso 3. Cargar los portaplacas en el cassette Una vez introducidas correctamente las placas en los portaplacas, puede cargar los portaplacas en el cassette. El cassette y los portaplacas están diseñados para asegurar que los portaplacas estén correctamente insertados.
  • Página 30 Procedimientos iniciales Paso 3. Cargar los portaplacas en el cassette La flecha ayuda a identificar Soporte para el dedo la orientación del scanner Figura 11 El portaplacas le permite insertar las placas correctamente 1 En la ventana del programa Scan Control, haga clic en Open Door para abrir la puerta del scanner.
  • Página 31 Procedimientos iniciales Paso 3. Cargar los portaplacas en el cassette El scanner SureSan barre las placas Inserte un portaplacas en cualquier ranura abierta. Los en el orden establecido en la cola números de las ranuras están claramente etiquetados en el del barrido.

  • Página 32: Paso 4. Establecimiento O Cambio De Los Ajustes De Barrido Del Protocolo

    Procedimientos iniciales Paso 4. Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo • Se cierra la puerta del scanner. • El scanner lee el código de barra de cada placa. • El código de barras se muestra en Slide ID en la tabla de ranura del programa Scan Control.

  • Página 33: Paso 5. Incorporación De Las Placas A La Cola Del Barrido

    Procedimientos iniciales Paso 5. Incorporación de las placas a la cola del barrido Paso 5. Incorporación de las placas a la cola del barrido Una vez que agrega una placa a la 1 En la ventana principal de Scan Control, haga clic en All to cola del barrido, no puede cambiar Queue para agregar a la cola de barrido todas las placas de la sus ajustes de barrido.

  • Página 34: Paso 7. Extracción De Las Placas

    Procedimientos iniciales Paso 7. Extracción de las placas • El tiempo de barrido restante y el espacio de disco requerido se muestran en la parte inferior de la ventana principal de Scan Control. Consulte “Referencia de la ventana del programa Scan Control” en la página 88.

  • Página 35: Acerca De Los Protocolos De Barrido

    Procedimientos iniciales Acerca de los protocolos de barrido Acerca de los protocolos de barrido Un protocolo de barrido es un conjunto de ajustes de barrido y de imágenes que, al seleccionarse, se aplica a la placa a medida que se barre. Agilent facilita ocho protocolos precargados para su selección y uso con microarrays de alta densidad (HD) de Agilent, microarrays Agilent G3 y microarrays que no son de Agilent.

  • Página 36: Modo Desconectado

    Procedimientos iniciales Modo desconectado Modo desconectado Si no hay ningún aparato disponible, el programa Scan Control se ejecuta en “modo desconectado”. En este modo, puede crear, importar y exportar protocolos de barrido y barrer regiones. Puede además abrir archivos de registros, mostrar los errores recientes, establecer ajustes generales y asignar protocolos de barrido para diseñar ID.

  • Página 37: Apagar El Scanner Surescan

    Procedimientos iniciales Apagar el scanner SureScan Apagar el scanner SureScan 1 Vaya a la ventana del programa Scan Control y asegúrese de que el scanner no esté realizando tareas de barrido, expulsión o carga de una placa. 2 Haga clic en Open Door para abrir la puerta del scanner. 3 Retire el portaplacas del cassette del scanner.
  • Página 38 Procedimientos iniciales Apagar el scanner SureScan Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 39: Utilización Del Programa Scan Control

    Control para configurar y ejecutar el scanner. Para obtener información sobre cómo utilizar las herramientas de Scan Control para modificar los protocolos y las regiones de barrido, así como para encender y apagar los láseres, consulte Capítulo 4, “Uso de las herramientas de Scan Control”. Agilent Technologies...

  • Página 40: Utilización De La Tabla De Ranura

    Utilización del programa Scan Control Utilización de la tabla de ranura Utilización de la tabla de ranura La tabla de ranura proporciona una visualización del cassette y su contenido. Una vez que carga las placas en la cinta y cierra la puerta, el software Scan Control lee el código de barra para cada placa y lo muestra como la ID de placa en la tabla de la ranura.

  • Página 41: Para Establecer O Cambiar El Protocolo De Barrido

    Utilización del programa Scan Control Para establecer o cambiar el protocolo de barrido Para establecer o cambiar el protocolo de barrido Si no está seleccionado un protocolo de barrido para una placa, Un protocolo de barrido es un conjunto predefinido de ajustes de barrido. Con o si desea cambiar el protocolo de barrido: el software se proporcionan varios 1 En la tabla de la ranura, haga clic en la celda Scan Protocol...

  • Página 42: Para Añadir Una Placa A La Cola De Barrido

    Utilización del programa Scan Control Para añadir una placa a la cola de barrido No se pueden realizar cambios en las placas de la cola. N O TA Para añadir una placa a la cola de barrido 1 En la tabla de ranura, haga clic en la celda State de la placa que desea añadir en la cola.

  • Página 43: Para Eliminar Una Placa De La Cola De Barrido

    Utilización del programa Scan Control Para eliminar una placa de la cola de barrido Move up: mueve la placa una posición hacia arriba. Move down: mueve la placa una posición hacia abajo. Para eliminar una placa de la cola de barrido 1 En la tabla de ranura, haga clic en la celda State de la placa que desea eliminar de la cola.

  • Página 44: Para Cerrar La Puerta Del Scanner

    Utilización del programa Scan Control Para cerrar la puerta del scanner Para cerrar la puerta del scanner Para iniciar un barrido debe cerrar • En la ventana principal de Scan Control, haga clic en la puerta. Una vez que comienza el Close Door.

  • Página 45: Modificación De Los Ajustes De Barrido De La Placa

    Utilización del programa Scan Control Modificación de los ajustes de barrido de la placa Modificación de los ajustes de barrido de la placa Al seleccionar una placa en la tabla de la ranura de la ventana principal de Scan Control, los ajustes de barrido de esa placa se muestran en Settings Pane en la parte derecha de la ventana.

  • Página 46: Para Cambiar Los Ajustes De Varias Placas

    Utilización del programa Scan Control Para cambiar los ajustes de varias placas Para cambiar los ajustes de varias placas Sólo puede cambiar los ajustes de 1 En la tabla de barrido, haga clic para seleccionar la primera barrido de una placa cuando no se placa cuyos ajustes desea cambiar.

  • Página 47: Uso De Las Herramientas De Scan Control

    • Restablecer avisos de atención de calibración • Realizar una autocomprobación • Establecer los ajustes generales del scanner • Asignar protocolos a los diseños de placas Este capítulo describe cómo utilizar las herramientas disponibles del programa Scan Control. Agilent Technologies...

  • Página 48: Creación Y Cambio De Protocolos De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Creación y cambio de protocolos de barrido Creación y cambio de protocolos de barrido El programa Scan Control viene con un conjunto de protocolos de barrido predeterminados que están diseñados para funcionar junto con los diseños típicos de placas de microarrays Agilent.

  • Página 49: Para Crear Un Protocolo De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Para crear un protocolo de barrido Para crear un protocolo de barrido Puede exportar uno o más protocolos de barrido a un archivo en el disco duro, como una copia de seguridad, o bien importarlos a otro sistema SureScan.

  • Página 50: Para Eliminar Un Protocolo De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Para eliminar un protocolo de barrido 4 Haga clic para seleccionar el archivo de protocolos de barrido y después haga clic en Open. Se importan los protocolos de barrido del archivo. Para eliminar un protocolo de barrido No puede eliminar ninguno de los 1 Seleccione Tools >...

  • Página 51: Crear Y Cambiar Regiones De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Crear y cambiar regiones de barrido Crear y cambiar regiones de barrido Si utiliza placas que no son de Agilent, puede crear o cambiar su La región de barridodetermina el área de la placa que se procesa. Cuanto más propia región de barrido hasta una región de barrido máxima grande sea la región, más largo será...

  • Página 52: Para Crear Una Región De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Para crear una región de barrido Al crear una región de barrido o utilizar regiones de barrido existentes, asegúrese de que haya una distancia de 4 mm como mínimo entre la región de barrido y la etiqueta de código de barra.

  • Página 53: Para Importar Una Región De Barrido

    Uso de las herramientas de Scan Control Para importar una región de barrido 7 En nombre de archivo, escriba el nombre del archivo de la región de barrido exportado. 8 Haga clic en Save. Para importar una región de barrido Si una región de barrido en el 1 En la barra de menú...

  • Página 54: Añadir Un Código De Barra

    Uso de las herramientas de Scan Control Añadir un código de barra Añadir un código de barra Los códigos de barra permiten identificar las placas de microarrays, físicamente y dentro del programa Scan Control. Además, el código de barra se guarda en los metadatos de la imagen TIFF y se muestra en los informes de Feature Extraction.
  • Página 55 Uso de las herramientas de Scan Control Para añadir un código de barras 7 Si lo desea, paso 3 continúe paso 6 para añadir otro código de barra. 8 Cuando finalice, haga clic en Close. Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 56: Encender Los Láseres Manualmente

    Uso de las herramientas de Scan Control Encender los láseres manualmente Encender los láseres manualmente Los láseres se encienden automáticamente cuando se inicia el programa Scan Control o cuando se añaden placas a la cola. Se apagan automáticamente, según los ajustes del tiempo de retraso para la protección del láser.

  • Página 57: Herramientas Para Solución De Problemas

    Uso de las herramientas de Scan Control Herramientas para solución de problemas Herramientas para solución de problemas Para facilitar la solución de problemas, puede ver los errores recientes o abrir los archivos de registro que se generaron para el scanner. Puede además crear un archivo que contiene una “instantánea”...

  • Página 58: Para Crear Una Instantánea Del Estado Del Aparato

    Uso de las herramientas de Scan Control Para crear una instantánea del estado del aparato Para crear una instantánea del estado del aparato • En la barra de menú del programa Scan Control, haga clic en Tools > State Snapshot. Se crea un archivo en la carpeta C:\ProgramData\Agilent\ MicroArrayScanner\Snapshots\StateSnapshots.

  • Página 59: Para Ejecutar Una Autocomprobación

    Uso de las herramientas de Scan Control Para ejecutar una autocomprobación Para ejecutar una autocomprobación Para ejecutar una 1 En la barra de menú de Scan Control, haga clic en Tools > autocomprobación, retire todos los Self Test. portaplacas del scanner. El comando Se abrirá...

  • Página 60: Configurar Los Ajustes Predeterminados Del Scanner

    Uso de las herramientas de Scan Control Configurar los ajustes predeterminados del scanner Configurar los ajustes predeterminados del scanner Para configurar la carpeta de datos de barrido predeterminada De forma predeterminada, la La ubicación es la carpeta de salida predeterminada donde se carpeta de salida de datos de encuentran depositados los archivos de imagen generados por el scanner.

  • Página 61: Para Establecer La Ubicación Del Programa Feature Extraction

    Uso de las herramientas de Scan Control Para establecer la ubicación del programa Feature Extraction. Para establecer la ubicación del programa Feature Extraction. Si desea ejecutar el programa Feature Extraction automáticamente al final de un barrido, debe establecer la ubicación de instalación del programa Feature Extraction. 1 En la barra de menú...

  • Página 62: Asignar Protocolos De Barrido A Diseños

    Uso de las herramientas de Scan Control Asignar protocolos de barrido a diseños Asignar protocolos de barrido a diseños La primera vez que barre un microarray de un determinado diseño, el programa Scan Control asigna el protocolo seleccionado a ese diseño. A continuación, cada vez que el programa Scan Control reconozca una placa con el mismo diseño, el programa Scan Control completará...

  • Página 63: Mantenimiento Y Solución De Problemas Del Sistema

    Para verificar si una actualización está disponible Para actualizar el programa Scan Control y el firmware Para verificar la instalación del software En este capítulo se facilita información de mantenimiento y solución de problemas del sistema de scanner SureScan. Agilent Technologies...

  • Página 64: Mantenimiento Del Sistema

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mantenimiento del sistema Mantenimiento del sistema Con el cuidado y mantenimiento adecuados, el scanner SureScan funcionará sin problemas. Cuando tenga dudas sobre el uso o cuidado del scanner SureScan, póngase en contacto con la oficina local de ventas o el centro de servicio y soporte de Agilent para obtener respuestas a sus preguntas.

  • Página 65: Sugerencias Para Evitar Problemas

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Sugerencias para evitar problemas Sugerencias para evitar problemas Siga estas sugerencias que le ayudarán a mantener el scanner SureScan y su rendimiento. Sugerencia para evitar pérdida de datos • Evite ejecutar programas de software que causen sobrecarga en el procesador, ya que podría influir en la captura de datos durante el barrido.
  • Página 66 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Sugerencias para evitar problemas Sugerencias para mantener el rendimiento del hardware • Evite trasladar el scanner SureScan. Si debe trasladar el scanner SureScan, es posible que esto afecte negativamente el rendimiento. Llame a la oficina local de ventas de Agilent o al centro de servicio y soporte si necesita ayuda para trasladar el scanner SureScan.

  • Página 67: Solución De Problemas

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Solución de problemas Solución de problemas El scanner SureScan está diseñado para requerir escaso mantenimiento y su uso sea sencillo. Si no puede resolver un problema con el sistema, lea este capítulo. Si continúa el problema, póngase en contacto con la oficina local de ventas o el centro de soporte y servicio de Agilent.
  • Página 68 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Soporte técnico Cada scanner SureScan tiene un número de serie exclusivo compuesto por 10 caracteres. El número de serie está ubicado en la parte frontal del aparato en la esquina inferior derecha y en la parte posterior del aparato.

  • Página 69: Preguntas Más Frecuentes

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Preguntas más frecuentes Preguntas más frecuentes Las siguientes preguntas más frecuentes pueden ayudarle a utilizar y mantener el sistema SureScan y diagnosticar los problemas que se produzcan. Tabla 1 Preguntas más frecuentes Pregunta más frecuente Respuesta Deseo trasladar el scanner SureScan a El traslado puede afectar negativamente el rendimiento del scanner.

  • Página 70: Solución De Problemas Del Hardware

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Solución de problemas del hardware Solución de problemas del hardware Salvo por el fusible de alimentación, el scanner SureScan no tiene piezas que el usuario pueda reparar. El indicador luminoso de estado ubicado en la parte frontal del scanner indica posibles problemas.
  • Página 71 Los fusibles de la fuente de alimentación se encuentran directamente por encima del enchufe del cable de alimentación. Los fusibles se solicitan directamente desde Agilent Technologies. Desconecte siempre el cable de alimentación antes de comprobar o ADVERTENCIA sustituir los fusibles.

  • Página 72: Solución De Problemas Del Software

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Solución de problemas del software 5 Vuelva a introducir el portafusibles; para ello, empújelo hasta escuchar un clic. 6 Conecte el cable de alimentación. Sustituya los fusibles sólo por fusibles con las mismas características ATENCIÓN o equivalentes.

  • Página 73: Ubicaciones De Archivos

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Ubicaciones de archivos Ubicaciones de archivos El sistema SureScan utiliza las siguientes carpetas: Archivos del programa Scan Control (carpeta de instalación) C:\Program Files (x86)\Agilent\ScanControl Archivos de registro C:\ProgramData\Agilent\MicroarrayScanner\Logs Archivos de imágenes barridas (de forma predeterminada, de lo contrario como se establece en los ajustes de Scan Control) D:\ScanData Archivos de imágenes barridas (en caso de no encontrar una...

  • Página 74: Mensajes De Error Del Sistema Surescan

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Mensajes de error del sistema SureScan Esta sección explica cómo utilizar los mensajes de error y los registros de errores generados por el sistema. Supervisión del hardware El scanner SureScan supervisa continuamente las temperaturas internas y las velocidades del ventilador así...

  • Página 75: Solución De Problemas Con Mensajes De Error

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Solución de problemas con mensajes de error El sistema SureScan crea mensajes de error que le ayudarán a resolver los problemas que se produzcan. Muchos de los mensajes de error incluyen una solución dentro del cuadro de texto;...
  • Página 76 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Tabla 3 Mensajes de error en cuadros de diálogo emergentes (continuación) Mensaje de error Descripción y acción sugerida Se produjo un error al buscar los archivos Cierre el programa Scan Control y reinícielo. Si el problema continúa, vuelva a de registro: {*} instalar el programa Scan Control.
  • Página 77 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Tabla 3 Mensajes de error en cuadros de diálogo emergentes (continuación) Mensaje de error Descripción y acción sugerida No se pudo mostrar información "Acerca Cierre el programa Scan Control y reinícielo. Si el problema continúa, vuelva a de": {*} instalar el programa Scan Control.
  • Página 78 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Tabla 4 Mensaje de error en registros (continuación) Mensaje de error Descripción y acción sugerida No se pudo calibrar el sistema de datos. Indica que no se pudo calibrar el sistema de datos. Si el problema continúa, contáctese con el servicio.
  • Página 79 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Tabla 4 Mensaje de error en registros (continuación) Mensaje de error Descripción y acción sugerida Se eliminó el aviso de atención de alta Verifique las ranuras de ventilación. temperatura: Se está...
  • Página 80 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan 3 Si el paso 2 no resuelve el problema, haga lo siguiente: a Cierre el programa Scan Control. a Reinicie la estación de trabajo del ordenador. b Apague el scanner SureScan y vuelva a encenderlo. c Reinicie el programa Scan Control.

  • Página 81: Uso De La Pantalla De Diagnóstico

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Uso de la pantalla de diagnóstico Uso de la pantalla de diagnóstico La pantalla de diagnóstico del scanner SureScan se utiliza para tareas de solución de problemas avanzadas. Esta pantalla está ubicada en la parte frontal del aparato, detrás de la cubierta frontal superior.
  • Página 82 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Uso de la pantalla de diagnóstico El interruptor de control de la pantalla cuenta con las siguientes funciones: • Antes de que Scan Control se conecta al aparato, la pantalla muestra la dirección IP del scanner. Si la dirección IP no se muestra, el firmware no está...

  • Página 83: Actualización Del Firmware Del Scanner Y Del Programa

    1 En la ventana principal de Scan Control, haga clic en Help > Scanner Home Page. La genómica de Agilent Technologies: se abre la página web de descripción general del scanner de alta resolución. 2 En la página web, haga clic en Download Software.

  • Página 84: Para Verificar La Instalación Del Software

    Mantenimiento y solución de problemas del sistema Para verificar la instalación del software 4 Haga clic en Download Software para descargar el instalador de software y guárdelo en el ordenador. 5 Inicie el instalador de software y siga los mensajes para instalar el software.
  • Página 85 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Para verificar la instalación del software 2 Seleccione la casilla junto a Agilent Microarray Scan Control. 3 En Products to be qualified, haga clic en Qualify. La instalación se verifica y se genera un informe de calificación de instalación.
  • Página 86 Mantenimiento y solución de problemas del sistema Para verificar la instalación del software Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 87: Referencia

    Especificaciones del scanner SureScan Especificaciones de las placas Información sobre normativa En este capítulo se incluye la descripción de las ventanas y cuadros de diálogo del programa Microarray Scan Control. También contiene especificaciones e información sobre el cumplimiento de las normativas. Agilent Technologies...

  • Página 88: Referencia De La Ventana Del Programa Scan Control

    Referencia Referencia de la ventana del programa Scan Control Referencia de la ventana del programa Scan Control En esta sección se describe la ventana principal del programa Microarray Scan Control y su contenido. Ventana principal de Scan Control Barra de menú Panel de ajustes Indicadores de estado de la raua...
  • Página 89 Referencia Ventana principal de Scan Control La ventana de Microarray Scan Control aparece cuando se inicia dicho programa. Tiene las siguientes características: Tabla 5 Características de la ventana de Scan Control Característica Descripción Barra de menú Abre el menú de herramientas y la ayuda.

  • Página 90: Menú Tools

    Referencia Menú Tools Menú Tools Figura 18 Menú Tools Las siguientes funciones están disponibles en el menú Tools: Tabla 6 Comandos de las herramientas de Scan Control Herramienta Descripción Scan Protocol Editor Abre el cuadro de diálogo Scan Protocol Editor, donde puede crear, cambiar o eliminar protocolos de barrido.
  • Página 91 Referencia Menú Tools Tabla 6 Comandos de las herramientas de Scan Control Herramienta Descripción Show Recent Errors Abre el bloc de notas (o su editor de texto predeterminado) y muestra los detalles de los errores más recientes. Log Files Abre la carpeta Logs, donde puede abrir cualquiera de los registros creados por el programa.

  • Página 92: Menú Help

    Technologies para el scanner SureScan en el explorador de Internet. Soporte en línea Abre la página web de soporte técnico de Agilent Technologies, donde puede encontrar información de soporte para el scanner. About Agilent Scan Control Muestra información de versión del programa Scan Control así...

  • Página 93: Tabla De Ranura

    Referencia Tabla de ranura Tabla de ranura Figura 20 Tabla de ranura del programa Scan Control La tabla de ranura es una representación virtual del contenido del cassette del scanner. Se utiliza para configurar, iniciar/detener y supervisar el progreso de los barridos. Indicador de Los números a la izquierda de la tabla de ranura son idénticos a estado de la...
  • Página 94 Referencia Tabla de ranura cualquier texto aceptable en un nombre de archivo. El código de barra para la placa se conserva y aparece cuando se mueve el ratón sobre su ID de placa en la tabla de barrido. State Muestra el estado actual de la ranura. Los posibles estados y el color del indicador de estado de la ranura se muestran en la siguiente tabla.

  • Página 95: Selecciones De Menú Para State

    Referencia Tabla de ranura Tabla 8 Estados de la ranura e indicadores (continuación) Indicador de estado de la ranura Estado Significado Parpadea en amarillo Removed Una placa cuyo estado era "Ready" o "In Queue" fue retirada del cassette. Parpadea en amarillo Replaced Se colocó...
  • Página 96 Referencia Tabla de ranura Tabla 9 Selecciones de menú para State (continuación) Selección Descripción Remove from queue Retira la placa de la cola de barrido y establece el estado en Ready for Queue. Add to queue Está disponible si no hay placas en la cola de barrido.

  • Página 97: Botones De Función

    Referencia Botones de función Botones de función Los botones junto a la tabla de ranura están disponibles según el estado del aparato. All to Queue Añade a la cola de placas todas las placas que no se encuentran en ella. Las placas se añaden a la cola en el orden en que aparecen en la tabla de ranura.

  • Página 98: Panel De Ajustes

    Referencia Panel de ajustes Panel de ajustes Figura 21 Scan Control: Panel de ajustes El panel de ajustes le permite cambiar los ajustes individuales de una placa seleccionada. Para cambiar los ajustes, la placa no debe estar en la cola de barrido. Para obtener más información sobre los ajustes disponibles en esta tabla, consulte “Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor”...

  • Página 99: Lengüetas De Registro

    Referencia Lengüetas de registro Scan Settings Muestra los ajustes de barrido en el protocolo de barrido asignado. Para cambiar un ajuste, haga clic junto al nombre del ajuste y seleccione un nuevo valor de la lista. Para obtener información, consulte “Ajustes de barrido”...
  • Página 100 Referencia Lengüetas de registro Muestra información sobre el estado del aparato. Lengüeta Scan Log Figura 23 Lengüeta Scan Log Muestra información sobre los barridos. Cuando inicia el programa Scan Control, Scan Log muestra los barridos de los 30 días anteriores. Haga clic con el botón secundario del ratón en una de las lengüetas de registro para abrir un menú...
  • Página 101 Referencia Lengüetas de registro Tabla 10 Opciones del menú de acceso directo para las lengüetas de registro (continuación) Comando del menú Descripción Select all Selecciona todo el contenido de la lengüeta de registro. Auto Scroll Activa o desactiva el desplazamiento automático en el registro.

  • Página 102: Referencia Del Cuadro De Diálogo Del Programa Scan Control

    Installation Qualification. Para abrir: En el menú Inicio de Windows, haga clic en Todos los programas > Agilent Technologies > Installation Qualification Tool. Show OK files Cuando se selecciona esta opción, el informe de calificación incluye una lista de todos los archivos verificados aceptados.

  • Página 103: Cuadro De Diálogo Export Scan Protocol

    Referencia Cuadro de diálogo Export Scan Protocol Report saved at Aparece después de que finaliza la calificación de instalación. Muestra un vínculo a la ubicación del informe de calificación. Haga clic en el vínculo para abrir el informe en el explorador web. Abre la carpeta de informes IQT.

  • Página 104: Cuadro De Diálogo Export Scan Region

    Referencia Cuadro de diálogo Export Scan Region Export Cuando se seleccionan uno o más protocolos de barrido, este comando abre el cuadro de diálogo Save As, donde puede seleccionar una ubicación y un nombre de archivo para el archivo de protocolos exportado. Close Cierra el cuadro de diálogo.

  • Página 105: Cuadro De Diálogo Input Barcode

    Referencia Cuadro de diálogo Input Barcode Export Cuando se seleccionan una o más regiones de barrido, este comando abre el cuadro de diálogo Save As, donde puede seleccionar una ubicación y un nombre de archivo para el archivo de regiones de barridos exportado. Close Cierra el cuadro de diálogo.

  • Página 106: Cuadro De Diálogo Scan Protocol Editor

    Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Figura 28 Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Propósito: Se utiliza para crear o cambiar los protocolos de barrido. Para abrir: En la ventana del programa Scan Control, haga clic en Tools >...
  • Página 107 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor General Agilent Defined Un protocolo suministrado por Agilent. Locked Cuando un protocolo está bloqueado, no puede cambiarse. Ajustes de barrido Dye channel Determina si se recopila sólo rojo (por ejemplo, pigmento Cy-5), sólo verde (por ejemplo, pigmento Cy-3), o ambos tipos de información del canal de pigmentos.
  • Página 108 2 y 3 micras. Intervalo Establece el rango dinámico en 16 o 20 bits. El scanner G4900DA ha ampliado el intervalo dinámico de PMT y los dinámico TIFF componentes electrónicos de procesamiento de señales. Al seleccionar la opción de archivo TIFF de 20 bits, puede acceder a este intervalo ampliado, para posibilitar la cuantificación de...
  • Página 109 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Tabla 11 Espacio de almacenamiento y tiempo de barrido Resolución Espacio de Espacio de Tiempo de almacenamiento, almacenamiento, barrido, min. Mb, 16 bits Mb, 20 bits Dos pasos de 2 1300 1600 micras Dos pasos de 3 micras Dos pasos de 5...
  • Página 110 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor todos los datos barridos entre características de señales muy bajas y características de señales muy altas. Ahora, en lugar de utilizar XDR, puede seleccionar el intervalo dinámico de archivos TIFF de 20 bits para capturar el intervalo dinámico amplio de datos.
  • Página 111 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Split Si selecciona Yes, el archivo de color se divide en dos archivos de color. Los archivos divididos tienen los nombres FileName_green y FileName_red, donde FileName es el nombre que se asigna automáticamente al archivo antes de dividirse. Esta opción sólo está...
  • Página 112 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Tabla 12 Opciones para los campos de asignación de nombres de archivo (continuación) Opción Descripción Scan DateTime Incluye la fecha y hora del barrido en el nombre de archivo de imagen. Customize Permite escribir información personalizada para incluir en el nombre de archivo de imagen.
  • Página 113 Referencia Cuadro de diálogo Scan Protocol Editor Ejemplo US4510PP02_251485023883_S03.tif • Instrument Serial # = US4510PP02 • Slide ID = 251485023883 • ScanNumber = S03. Indica el tercer archivo de barrido de la carpeta con el mismo n. º de serie del aparato y la misma ID de placa.

  • Página 114: Cuadro De Diálogo Scan Region Editor

    Referencia Cuadro de diálogo Scan Region Editor Cuadro de diálogo Scan Region Editor Figura 30 Cuadro de diálogo Scan Region Editor Propósito: Permite ajustar o definir el área de la placa barrida. Para abrir: En la barra de menú del programa Scan Control, haga clic en Tools >...
  • Página 115 Referencia Cuadro de diálogo Scan Region Editor General Agilent Defined Un protocolo suministrado por Agilent. Locked Cuando un protocolo está bloqueado, no puede cambiarse. Región de barrido TopLeft X Medición del eje X par la esquina superior izquierda. Especifique esta medición y la del eje Y en mm para ubicar la región de la placa.

  • Página 116: Cuadro De Diálogo Self Test

    Referencia Cuadro de diálogo Self Test Cuadro de diálogo Self Test Figura 31 Cuadro de diálogo Self Test Propósito: Examina diferentes subsistemas del scanner para verificar si existe un comportamiento que no cumple con las especificaciones. Una vez finalizada la autocomprobación, se abre un resumen de los resultados en el explorador de Internet.

  • Página 117: Cuadro De Diálogo Settings: General Settings

    Referencia Cuadro de diálogo Settings: General Settings Cuadro de diálogo Settings: General Settings Figura 32 Cuadro de diálogo Settings: Lengüeta General Settings Browse Para ajustes que requieren una ubicación de carpeta; permite buscar la carpeta y seleccionarla, en lugar de escribir la ruta. Save Guarda los ajustes.
  • Página 118 Referencia Cuadro de diálogo Settings: General Settings Datos Carpeta Default Muestra la carpeta donde se almacenan de manera Scan Data predeterminada las imágenes creadas por el scanner. Puede cambiar esta carpeta para un barrido en la tabla de barrido. Feature Extraction Location of La ruta al archivo de programa FENoWindows.exe.

  • Página 119: Cuadro De Diálogo Settings: Design To Protocol Mapping

    Referencia Cuadro de diálogo Settings: Design To Protocol Mapping Cuadro de diálogo Settings: Design To Protocol Mapping Figura 33 Cuadro de diálogo Settings: Lengüeta Design To Protocol Mapping Propósito: Se utiliza para asignar protocolos de barrido predeterminados a las ID de diseño de placas de microarrays. Cada vez que el scanner reconoce una placa con un protocolo de barrido asignado a su diseño, el programa rellena automáticamente el protocolo de barrido asignado en la tabla de ranura.
  • Página 120 Referencia Cuadro de diálogo Settings: Design To Protocol Mapping Design ID Para placas de microarrays de Agilent, se puede determinar la ID de diseño desde el código de barra. Todos los códigos de barra comienzan con 25. Los cinco dígitos siguientes corresponden a la ID de diseño.

  • Página 121: Acerca De La Adición De Placas

    Referencia Acerca de la adición de placas Acerca de la adición de placas Puede añadir placas al scanner SureScan incluso cuando está barriendo. Utilice las siguientes instrucciones al añadir placas al scanner. • Puede añadir placas (en los portaplacas) al cassette, incluso cuando el barrido está...

  • Página 122: Ejecución De Feature Extraction En Imágenes Barridas

    Referencia Ejecución de Feature Extraction en imágenes barridas Ejecución de Feature Extraction en imágenes barridas Existen varias maneras en las que puede realizarse la extracción de características de los archivos de imágenes barridas creadas por el scanner: El programa Feature Extraction se •...

  • Página 123: Especificaciones Del Scanner Surescan

    Referencia Especificaciones del scanner SureScan Especificaciones del scanner SureScan El scanner SureScan funciona dentro de las siguientes especificaciones: Dimensiones Altura: 42 cm (16,5 pulg.) aproximadas Ancho: 43 cm (17 pulg.) Fondo: 67 cm (26 pulg.) Peso 56,8 kg (125 lbs) Entrada de 100 –...
  • Página 124 Referencia Especificaciones del scanner SureScan Pigmentos Cianina-3 (Cy-3) y cianina-5 (Cy-5) y pigmentos similares a admitidos Cy-3 y Cy-5 y pigmentos Alexa 647, 555 y 660 Resolución 2, 3, 5 ó 10 micras (tamaño en píxeles) Error de < 1 píxel en una resolución de 5 micras colocación de píxel Uniformidad...
  • Página 125 Referencia Especificaciones del scanner SureScan Intervalo dinámico Intervalo dinámico de 16 bits de un barrido >10 Intervalo dinámico de 20 bits de un barrido >10 Intervalo dinámico ampliado (XDR) de dos barridos >10 Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 126: Especificaciones De Las Placas

    Scan Region 21.6 61.0 Figura 34 Región de barrido predeterminada del scanner G4900DA Especificaciones del cristal El scanner SureScan utiliza portaplacas para introducir y sacar las microarrays del cassette. Estos portaplacas se han diseñado para aceptar piezas de cristal de 1 × 3 pulgadas.

  • Página 127: Especificaciones Del Código De Barras Y De La Etiqueta Del Código De Barras

    Especificaciones del código de barras y de la etiqueta del código de barras Especificaciones del código de barras de placas Agilent El scanner G4900DA lee los códigos de barra colocados en el lado activo de la placa. Para admitir versiones anteriores con los scanners del modelo G2565AA, las microarrays Agilent continúan teniendo códigos...
  • Página 128 Referencia Especificaciones del código de barras y de la etiqueta del código de barras • No coloque etiquetas de código de barras en placas cuya región de barrido sobrepase los 61 mm. Introduzca manualmente el identificador de placa o el código de barras en placas cuyas regiones de barrido sobrepasan los 61 mm.
  • Página 129 Referencia Especificaciones del código de barras y de la etiqueta del código de barras • Code 128: los códigos de barra que no son de Agilent con 12 dígitos no deben empezar con 2 • CODABAR: máximo de ocho dígitos; grosor mínimo de línea = 6 milímetros •...

  • Página 130: Información Sobre Normativa

    Referencia Información sobre normativa Información sobre normativa Esta sección enumera información sobre normativa del sistema SureScan, que incluye el scanner de microarrays SureScan G2600D, la estación de trabajo del ordenador y el software de control. Sólo para investigación El sistema SureScan está destinado SÓLO PARA INVESTIGACIÓN. Información de ruido acústico Declaración del fabricante: Español...

  • Página 131: Información De Seguridad

    Referencia Información sobre normativa Inmunidad Este dispositivo cumple los niveles de inmunidad exigidos en IEC 61326-2-6 para un entorno electromagnético no controlado. Este equipo no está previsto para utilizarse en áreas residenciales ni industriales. Consulte la Declaración de conformidad que se adjunta sobre los niveles específicos. Canadá...
  • Página 132 Referencia Información sobre normativa • Producto certificado CSA y NRTL Guía del usuario del sistema SureScan...

  • Página 133: Índice

    Índice actualización de firmware, carpeta de salida, seleccionar, herramienta de calificación de instalación actualizar firmware, carrusel (IQT), ajuste de canal de pigmento, carga de portaplacas en, humedad, ajuste de nivel de sensibilidad (PMT), Close Door, ajuste de ruta de salida, códigos de barra ajustes de barrido especificaciones,...
  • Página 134 Índice menú de acceso directo para las lengüetas de registro, Scan Region Editor, vista frontal del scanner, editar regiones de barrido vista posterior del scanner, existentes, scanner número de serie, scanner, 67, aviso de atención sobre la extracción de cubiertas, encender, especificaciones, Open Door,...
  • Página 135 Índice Guía del usuario del sistema SureScan...
  • Página 136 La información, las descripciones y las especificaciones están sujetas a cambios sin previo aviso. Para obtener información actualizada sobre los productos Agilent, visite http://genomics.agilent.com. © Agilent Technologies, Inc. 2011-2012 Enero 2012 *G4900-95000* G4900-95000 Revisión A1 Agilent Technologies...

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