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C Química de síntesis de oligonucleótidos
C.1 Reacción de acoplamiento
Reacción de acoplamiento en
ÄKTA oligopilot plus
En ÄKTA oligopilot plus el acoplamiento se lleva a cabo utilizando acetonitrilo como di-
solvente. Los grupos hidroxilos del agua compiten intensamente con los del azúcar. Por
este motivo es fundamental trabajar en condiciones anhidras a fin de conseguir un
acoplamiento eficiente.
Muchos protocolos de síntesis en lote utilizan un gran exceso de monómeros para
contrarrestar el efecto competitivo de las trazas de agua en los disolventes. Los métodos
de ÄKTA oligopilot plus se han creado para minimizar el uso de monómeros, de modo
que es esencial trabajar en condiciones anhidras para conseguir una buena síntesis.
Consejo:
Cálculo de la eficiencia de
acoplamiento
Para calcular la eficiencia de acoplamiento se integra el área bajo el pico de destritilación.
Para el cálculo pueden utilizarse métodos de UV o conductividad.
Nota:
Fórmula de eficiencia
b = número de bases desde la última base idéntica dada por ID_base
Si la eficiencia de acoplamiento cae por debajo de un valor predefinido, se puede pausar
la síntesis para que el usuario decida si continúa o no. Este ajuste se define en el apar-
tado de control del sistema de UNICORN.
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En la reacción de acoplamiento deben utilizarse nucleótidos protegidos como
fosforamiditas, ya que presentan una gran solubilidad en disolventes orgá-
nicos anhidros como el acetonitrilo. El empleo de fosforamiditas de nucleó-
tidos desprotegidos puede provocar reacciones colaterales ambiguas.
La eficiencia de los acoplamientos se calcula con las mismas bases (es
decir, un dA con dA anterior). Por tanto, la eficiencia calculada es siempre
del 100 % tras el primer cálculo. Ello afecta al promedio de la eficiencia
de acoplamiento calculada para la síntesis.
ÄKTA oligopilot plus Instrucciones de funcionamiento 28959748 AE
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