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C Química de síntesis de oligonucleótidos
C.5 Ciclo de síntesis
Este intermediario reacciona rápidamente con cualquier donante de electrones: en las
condiciones de la síntesis, el único donante disponible es el grupo 5'-hidroxilo del oligo-
nucleótido en desarrollo. A los pocos minutos de la reacción de acoplamiento, la eficiencia
suele ser ≥99 % en el caso del ADN y ≥98,5 % en el del ARN.
Si se mantienen condiciones anhidras estrictas y una buena calidad del reactivo, se
evita la necesidad de emplear un exceso de amiditas. La síntesis con ÄKTA oligopilot
plus suele obtener una eficiencia de acoplamiento superior al 98,5 % para el ADN con
un volumen de exceso molar de 1,5 de amidita, siempre que los reactivos sean de má-
xima calidad y que los disolventes sean completamente anhidros. La causa más común
de fallo en la síntesis de oligonucleótidos es, con diferencia, la utilización de reactivos
de mala calidad o de formulación incorrecta.
Oxidación
Antes de la oxidación, el soporte se lava con acetonitrilo para eliminar el activador y las
amiditas sin reacción.
El grupo fosfito se oxida a un fosfato más estable con una solución de 0,05 M de yodo
en proporción 9:1 de piridina/agua (vea la siguiente imagen).
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ÄKTA oligopilot plus Instrucciones de funcionamiento 28959748 AE
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