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Apéndice B
un ensayo CpG en el software PyroMark Q24 MDx, el
software indicará las posibles dosificaciones como controles
para la reacción del tratamiento de bisulfito. La secuencia
original (anterior al tratamiento de bisulfito) puede
introducirse en el ensayo y utilizarse para comprobar si los
controles propuestos son C convertidas a T (leídas como G y
A en un ensayo inverso) y si son adecuadas o no como
controles. Los controles preferentes son aquellas
dosificaciones que se encuentran al inicio de la secuencia
y/o que representan incorporaciones de bases simples.
Ensayos SQA
La experiencia con la secuenciación de números elevados de
moldes muestra que el orden de dosificación n(CTGA)
proporciona, por término medio, la mejor calidad de
secuenciación. No obstante, los moldes individuales pueden
proporcionar mejores resultados con otros órdenes de
dosificación.
Siempre que sea posible, se deben diseñar los ensayos SQA
que impliquen la resolución de diferentes secuencias, de
modo que la resolución no dependa de la secuenciación
exacta de los homopolímeros. Además, puede ser útil
insertar unas pocas bases conocidas al inicio de la
secuencia, preferentemente picos sencillos. Estos se pueden
utilizar como picos de referencia para facilitar el ajuste de
los niveles de pico en ensayos difíciles.
Asegúrese de que la muestra de ADN inicial sea pura o que
el ensayo sea capaz de amplificar específicamente y/o
secuenciar solo una secuencia objetivo en la muestra. En
caso contrario, el ensayo podría generar una secuencia
mixta que no se puede analizar.
Preste atención a los consejos y a las advertencias indicados
por el icono rojo
y realice las modificaciones pertinentes si
aparece este icono.
Manual de usuario del PyroMark Q24 MDx 01/2016
B-7
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